La distillerie de Port Ellen a été fondée en 1825 par Alexander Mackay. Suite à sa faillite malheureuse, la distillerie a été reprise par des membres de sa famille, qui n'eurent hélas pas plus de succès que lui. La distillerie est restée propriété de la famille jusqu'en 1920, date à laquelle elle fut contrainte de la vendre en raison de la prohibition américaine mais aussi du fait de changements législatifs consécutifs à la Première Guerre mondiale. DCL, le nouveau propriétaire, mit fin à la production en 1927. La distillerie est restée à l'abandon jusqu'en 1967, qui voit DCL la rénover, y installer deux alambics supplémentaires, et reprendre la production. Une grande malterie - Port Ellen Maltings - fut également construite afin de fournir en malt les distilleries DCL, Malgré tout, en 1983, la distillerie de Port Ellen a été définitivement fermée et démolie. Véritables rescapésde ce naufrage, les Port Ellen Stores ainsi que la malterie appartiennent aujourd?hui à Diageo.
Actuellement, la malterie est toujours en activité sous le nom de Port Ellen Maltings. Elle fournit en malt les autres distilleries de l'île d'Islay. Cette branche de l'activité devrait normalement se maintenir. En effet, dans le but de garantir des emplois locaux, les distilleries de l'île d'Islay ont signé en 1987 un do-cument officiel les obligeant à continuer à acheter une partie de leur malt auprès de Port Ellen Maltings.
En raison de la fermeture de la distillerie, les whiskys de Port Ellen ne se vendent plus qu?en très petites quantités et à des prix record - achetés généralement par des collectionneurs. Bruichladdich a acquis deux fûts de xérès contenant du whisky de Port Ellen (env. 500 l) avant de le transférer dans des fûts de château-yquem - contenants extrême-ment rares et en forte demande - afin de parfaire son vieillissement. C'est jusqu'ici le seul e